Commit 8555bf68 authored by Lev Lafayette's avatar Lev Lafayette

Remove module load spartan_2019

parent fe49bb25
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load abricate/0.9.9-perl-5.30.0
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load abyss/2.1.5
......
......@@ -16,7 +16,7 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load admixture/1.3.0
# Untar sample files, run application
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load afni/18.3.00-python-3.7.4
......
......@@ -17,7 +17,6 @@
# You must have an ultrametric phylogenetic tree.
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load bamm/2.5.0
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load bbmap/38.76
# See examples at:
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load bedtools/2.27.1
......
......@@ -9,7 +9,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load blast/2.10.0-linux_x86_64
# Run the job
......
......@@ -3,7 +3,6 @@
# Set up enviroment PATH
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load bwa/0.7.17
module load samtools/1.9
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load beast/2.5.1
......
......@@ -16,7 +16,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load cpmd/4.3
......
......@@ -14,7 +14,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load cufflinks/20190706
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load fftw/3.3.8
......
......@@ -2,7 +2,6 @@
#SBATCH -t 0:30:00
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load fsl/6.0.1-python-3.7.4
......
......@@ -4,7 +4,6 @@
#SBATCH -t 0:30:00
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load fsl/6.0.1-python-3.7.4
......
......@@ -6,7 +6,6 @@ INPUT_FILE="test0001.com"
OUTPUT_FILE="test0001.log"
module purge
module load spartan_2019
module load pgi/18.10-gcc-8.3.0-2.32
module load gaussian/g16c01
......
......@@ -2,6 +2,5 @@
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
module purge
module load spartan_2019
module load gurobi/9.0.0
time gurobi_cl misc07.mps
......@@ -16,7 +16,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load hmmer/3.2.1
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load htslib/1.9
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load jags/4.3.0
......
#!/bin/bash
module purge
module load spartan_2019
module load julia/1.3.1-linux-x86_64
julia simple.jl
......@@ -3,7 +3,6 @@
#SBATCH --time=1:0:0
module purge
module load spartan_2019
module load matlab/2020a
time matlab -nodesktop -nodisplay -nosplash < tictoc.m
......
#!/bin/bash
# One task, one core, default partition, ten minutes walltime
module purge
module load spartan_2019
module load matlab/2020a
matlab -nodesktop -nodisplay -nosplash< polar-plot.m
......@@ -14,7 +14,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load mathematica/12.0.0
# Read and evaluate the .m file
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load mrbayes/3.2.7
......
......@@ -4,7 +4,6 @@
#SBATCH --ntasks-per-node=4
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load orca/4.2.1
......
......@@ -7,7 +7,6 @@
#SBATCH --array=1-10
module purge
module load spartan_2019
module load octave/4.2.1
octave file-${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.oct
......
......@@ -5,7 +5,6 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load openfoam/7
......
......@@ -7,7 +7,6 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load openfoam/7
......
......@@ -4,7 +4,9 @@
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=0-00:10:00
module load OpenFOAM/5.0-intel-2017.u2
module purge
module load foss/2019b
module load openfoam/7
source $FOAM_BASH
......
......@@ -4,7 +4,9 @@
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=0-00:10:00
module load OpenFOAM/5.0-intel-2017.u2
module purge
module load foss/2019b
module load openfoam/7
source $FOAM_BASH
......
......@@ -3,7 +3,7 @@
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -3,7 +3,7 @@
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -2,7 +2,7 @@
#SBATCH --ntasks=16
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -4,7 +4,7 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -4,7 +4,7 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -4,7 +4,7 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
......@@ -4,7 +4,7 @@
#SBATCH --time=0-00:10:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcc/8.3.0
module load openmpi/3.1.4
......
#!/bin/bash
#SBATCH --time=0:15:00
module purge
module load spartan_2019
module load gcccore/8.3.0
module load perl/5.30.0
perl < metaperl.pl > output.txt
......
......@@ -5,7 +5,7 @@
# Load required modules
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load python/3.7.4
......
......@@ -3,7 +3,7 @@
# Load required modules
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load python/3.7.4
......
......@@ -6,7 +6,7 @@
# Load required modules
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load python/3.7.4
......
......@@ -15,7 +15,6 @@
# Load the environment variables for R
module purge
module load spartan_2019
module load r/4.0.0
# The command to actually run the job
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load samtools/1.9
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load gcccore/8.3.0
module load sqlite/3.29.0
......
......@@ -2,7 +2,6 @@
#SBATCH --time=00:15:00
module purge
module load spartan_2019
module load singularity/3.5.3
singularity exec vsoch-hello-world-master.simg echo "Hello from inside my container!" > output.txt
......
......@@ -12,7 +12,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019b
module load gcccore/8.3.0
module load tcl/8.6.9
......
......@@ -6,7 +6,6 @@
#SBATCH --time=0:15:00
module purge
module load spartan_2019
module load trimmomatic/0.39-java-11.0.2
......
......@@ -5,7 +5,6 @@
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --time=0:15:00
module purge
module load spartan_2019
module load trimmomatic/0.39-java-11.0.2
for infile in ./*_1.fastq.gz
......
......@@ -17,7 +17,6 @@
# Load the environment variables
module purge
module load spartan_2019
module load foss/2019b
module load beast/2.5.1
module load beagle-lib/3.0.2
......
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